廢水處理設備制造與設計上從理論上都能夠達標，但是在設備的實際調試過程中會因為一些因素出現以下常見問題。
    1.設備啟動問題。設備無法啟動，首先檢查配電箱是否通電;若正常，檢查中間水池是否無水從而導致浮球液位器斷開，使得中水泵無法工作;檢查中水泵中有無空氣，若有，灌水排出空氣。
    2.儀表顯示問題。PH儀表、CM儀表及壓力表顯示值偏大的情況時有發生，首先校準儀表;若儀表正常，則考慮其他原因。如CM儀表示值錯誤，可能是管路問題或RO膜被堵塞，需要沖洗管道或膜。
    3.泵的問題。若泵反轉，要及時調整相位;若泵無法抽水，應考慮泵內含有空氣，應停機旋轉泵上面的放氣螺栓，排凈空氣。
    4.產水問題。若產水量不達標，可以調節中水泵增大流量，調節濃水出水閥門減少RO濃水的排放量，使得淡水出水產量達標;若產水水質不達標，需要不斷地沖洗管路及濾膜。